Vient alors la seconde guerre mondiale, qui comme chacun le sait, voit la France coupée en deux. Durant cette période trouble de notre histoire, les circulations s'amenuisent considérablement
entre l'Auvergne et Paris.
A la fin de la guerre, la S.N.C.F reprend les circulations, difficilement, entre Clermont-Ferrand et Paris. Les infrastructures sont dans un état déplorable, si elles n'ont pas été détruites par
les bombardements ou la résistance. Une nouvelle relation est créée en 1946 : Lyon Perrache-Bordeaux St Jean avec des rebroussements en gare de Périgueux, Saint-Sulpice-Laurière, Gannat et
Saint-Germain des fossés. C'est l'occasion pour les Saint Germanois de découvrir en gare les autorails ABJ puis les RGP quelques années plus tard.
En 1954, la rotonde est en partie détruite, 2 voies couvertes et 4 alvéoles sont conservés. En 1956, les autorails Bugatti laissent leur place sur le parcours Paris-Clermont aux RGP. Ce
changement de matériel permet de passer tout juste sous la barre des 4 heures pour le train le plus noble.
En 1965, les trains nocturnes Bordeaux - Genève et Saint-Gervais-les-Bains - La Rochelle perdent leurs 141 E ou 141 F remplacées par les récentes locomotives diesel A1A A1A 68000.
Durant cette période d'après-guerre, les effectifs de l'établissement Saint Germanois restent stables, le trafic reprend doucement et les manœuvres en gare sont toujours très nombreuses.
1968-1973, une amélioration du service.
Pour confirmer la fin de la traction vapeur en France, le service d'hiver 1968 voit les locomotives 241 P et 141 R laisser leur place à la traction Diesel, et plus particulièrement aux toutes
nouvelles BB 67000. Sept allers/retours quotidiens relient Paris à Clermont, avec toutefois une hausse minime des temps de parcours.
Début 1969, les riverains de la gare découvrent, de façon occasionnelle, les CC 72000. Un événement majeur car ces dernières vont apporter un bénéfice jamais connu depuis l'arrivée des autorails
Bugatti. Avec leurs 3600 chevaux, elles vont permettre de faire oublier définitivement les locomotives à vapeur.
Les grosses bleues se retrouvent engagées sur une grande partie des trains circulant par Saint Germain :
Le « Bourbonnais » en Janvier 1969 (mais de façon régulière en 1973), le « Thermal » à l'été 1969. Au service d'hiver 1970, les 72000 récupèrent « l'Arverne », puis le « L'Océan-Lyon ».
Au service d'hiver 1973, elles participent, avec les RTG, à la traction des trains de la transversale Nantes-Lyon. Le 25 Septembre 1977, elles évincent totalement les RTG de cette relation.